根據(jù)《國家稅務總局關于金稅工程增值稅征管信息系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)的涉嫌違規(guī)增值稅專用發(fā)票處理問題的通知》(國稅函〔2006〕969號)規(guī)定：“一、關于防偽稅控認證系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)涉嫌違規(guī)發(fā)票的處理��

　　目前，防偽稅控認證系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)涉嫌違規(guī)發(fā)票分‘無法認證’、‘認證不符’、‘密文有誤’、‘重復認證’、‘認證時失控’、‘認證后失控’和‘納稅人識別號認證不符(發(fā)票所列購買方納稅人識別號與申報認證企業(yè)的納稅人識別號不符)’等類型。

　　(一)屬于‘無法認證’、‘納稅人識別號認證不符’和‘認證不符’中的‘發(fā)票代碼號碼認證不符(密文與明文相比較，發(fā)票代碼或號碼不符)’的發(fā)票，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。稅務機關應將發(fā)票原件退還企業(yè)，企業(yè)可要求銷售方重新開具。

　　(二)屬于‘重復認證’、‘密文有誤’和‘認證不符(不包括發(fā)票代碼號碼認證不符)’、‘認證時失控’和‘認證后失控’的發(fā)票，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務機關扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。經稅務機關檢查確認屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;不屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。屬于稅務機關責任的，由稅務機關誤操作的相關部門核實后，區(qū)縣級稅務機關出具書面證明;屬于技術性錯誤的，由稅務機關技術主管部門核實后，區(qū)縣級稅務機關出具書面證明。”