會計集中核算制存在的問題如下所示：

會計集中核算制這種新的財務管理模式，盡管新聞媒體、會計理論、具體操作部門以及紀檢、監(jiān)察和財政等職能部門都給予了肯定，但作為實踐產物的會計集中核算制總是滯后于實踐本身的發(fā)展，在實踐中暴露出來一定的局限性，必須引起我們的關注。

１．會計監(jiān)督工作存在盲點。會計集中核算形式下，會計人員脫離了各委派單位的實際業(yè)務工作，很難詳細了解情況；一個核算人員又同時負責多個單位賬務，無力全局掌握每個單位業(yè)務細節(jié)，行使會計監(jiān)督的職能有一定難度。具體說，核算站實行大廳式作業(yè)和核算站辦公的工作模式，單位計劃買什么，花多少錢，是否真正產生這項經濟業(yè)務，單位在沒有去核算站報賬前，會計人員一無所知。會計人員對單位資金的使用，只能在單位來核算站報賬時進行監(jiān)督。這種監(jiān)督只能稱做事后監(jiān)督。目前核算站己經實行了會計電算化，要做到賬證、賬賬和賬表三個一致很容易。如果三者不一致，微機就不執(zhí)行下一個程序，并且電腦還會自動給操作者以提示。而要做到賬實相符，則相當困難。單位報賬時，會計人員只能根據(jù)單位報來的單據(jù)是否合法來判斷。只要單據(jù)合法有效，不管單據(jù)上反映的經濟業(yè)務是否真實，會計必須辦理報銷業(yè)務。所以說，會計集中核算后會計信息的質量得不到制度上的充分保證。

２．不能完全堵塞經費支出漏洞。節(jié)約財政支出，從源頭上預防和治理腐敗，是實行會計集中核算的出發(fā)點。核算站由于對單位的經濟業(yè)務缺乏必要的了解，對單位報來的票據(jù)只能從兩個方面進行監(jiān)督審核：一是看有沒有單位領導的簽字，是否與預留核算站的印鑒相符；二是看單位拿來的票據(jù)是否合格。這種監(jiān)督審核，實質上只能做到以單據(jù)論單據(jù)。如果上面兩點都符合要求，即使單位用合法的票據(jù)套取現(xiàn)金，核算站也無法控制，不合理支出不會減少，漏洞不能完全堵塞，腐敗行為照樣發(fā)生。另外，核算站設備購置費、正常運轉費和業(yè)務單位各種憑證資料的購置費，也是一筆不小的開支。

３．核算中心人員少，工作量大。實行會計集中核算后，由財政部門在銀行開設統(tǒng)一核算賬戶，集中辦理資金收付，各單位的財務工作主要都集中在會計核算中心。從目前各地會計核算中心的運行情況來看，都普遍存在著核算中心人員少、工作量過大，報賬員在核算站報賬等候時間較長，部分單位領導不夠理解，從而使單位與委派會計之間造成一些矛盾，特別是核算業(yè)務量較大的核算中心，這些矛盾更加突出。

４．核算中心制度建設滯后于業(yè)務的發(fā)展。會計核算中心成立時間較短，各項規(guī)章制度還不能完全適應不斷發(fā)展的業(yè)務要求，某些方面已經制約了會計業(yè)務的發(fā)展，主要表現(xiàn)有：一是核算中心職能定位與會計人員職責定位銜接不緊。核算與監(jiān)督、管理與服務是會計核算中心的基本職能，究竟誰是第一位誰是第二位，實踐過程中，會計人員履行職責時常處于左右為難的尷尬境地。二是會計人員的思想政治工作缺乏針對性和實效性，會計人員堅持制度和原則的底氣不足。三是控制會計人員的崗位風險缺乏長效機制。