第一步：做好基礎準備。匯算清繳前，納稅人應加強人才儲備和知識儲備，梳理各項稅收政策，注重企業(yè)所得稅相關知識的學習;關注稅務機關辦稅服務廳、12366納稅服務熱線等關于匯算清繳的要求，積極參加稅務機關組織的培訓會與輔導會，了解匯算清繳的工作程序和要求，掌握企業(yè)所得稅相關政策規(guī)定;先期做好年度財務決算和財務審計工作，同時做好企業(yè)內部匯算清繳的培訓和管理，提高匯算清繳整體管理質量和效率。
　　第二步：全面統(tǒng)籌匯繳。企業(yè)應及早制定匯算清繳計劃，特別是跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)總機構應要求分支機構提前進行納稅申報，為總機構匯總申報預留時間。同時，為了規(guī)范集團企業(yè)的匯算清繳工作，最好制定具體的操作手冊。比如，為規(guī)范集團所得稅匯算清繳管理，某企業(yè)就制定了《集團公司企業(yè)所得稅匯算清繳管理手冊》，歸納了該企業(yè)所屬行業(yè)適用的匯算清繳政策，制定了匯算清繳績效管理考核辦法，值得大企業(yè)借鑒。
　　第三步：加強內部協(xié)調。年度納稅申報需要報備、審批的資料和年度納稅申報表填報調整的事項，幾乎涉及納稅人的全部生產(chǎn)經(jīng)營活動，需要企業(yè)稅務管理部門協(xié)調內部各有關部門提供與匯算清繳有關的數(shù)據(jù)信息及資料，如人力資源管理、財務核算、費用報銷、勞資、工會、福利、投資和審計等諸多部門。
　　第四步：研究新舊政策。由于涉及所得稅的稅收政策相對較多，每年還有一些最新出臺的政策文件，稅務機關在匯算清繳輔導時，不會面面俱到地梳理所有政策。企業(yè)應根據(jù)自己的行業(yè)特點，結合以往稅務機關講解的要點，深入研究與自身業(yè)務相關的稅收政策以及主管稅務機關具體執(zhí)行的口徑。
　　第五步：辦理審批和備案事項。企業(yè)需要報經(jīng)稅務機關審批、審核或備案的事項，應按有關程序、時限和要求報送材料，在辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報前及時辦理。這些事項包括各類稅收優(yōu)惠審批、備案事項，資產(chǎn)損失稅前扣除等申報事項及其他稅前扣除的審批、審核或備案事項。企業(yè)應嚴格按照稅收政策區(qū)分是否享受稅收優(yōu)惠或能否稅前扣除，按照審批、備案事項的要件要求提供備案或附送資料，并注意申報數(shù)據(jù)和事項需要與企業(yè)在年度申報表及附表相一一對應。
　　第六步：審核相關票據(jù)。納稅人應該嚴格按照發(fā)票管理辦法的規(guī)定、自查發(fā)票管理是否合規(guī)，注意未按規(guī)定取得的合法有效憑據(jù)不得在稅前扣除，未按規(guī)定取得發(fā)票的事項應及時補正。
　　第七步：集中解決政策難題。在所有所得稅政策中，最復雜、最特殊、最容易帶來風險的稅收政策包括并購重組、股權交易、特別納稅調整、企業(yè)境外所得稅收抵免、關聯(lián)交易等事項，這些事項在匯算清繳時納稅人應格外注意。如果遇到稅收政策難題，納稅人應主動與主管稅務機關保持聯(lián)絡，關注主管稅務機關對具體政策執(zhí)行的尺度;遇到政策規(guī)定不清或理解有歧義時，應與主管稅務機關及時聯(lián)系，對該政策適用的確定性進行確認，并可向主管稅務機關書面請示，并關注請示結果。
　　第八步：開展匯算清繳鑒證。目前，一些省市要求企業(yè)在匯算清繳工作中，提交稅務師事務所出具的所得稅匯算清繳鑒證報告，稅務機關越來越重視利用《涉稅鑒證報告》加強稅收管理的工作。在實務中，一些中介機構在鑒證時只按申報表填表項目羅列一些數(shù)據(jù)，沒有具體審核過程，政策依據(jù)等實質內容，使稅務機關無法相信鑒證報告的真實性�；�于此，納稅人應聘請真正有實力、負責人的中介機構開展此項工作。
　　第九步：填報年度納稅申報表。稅務機關在匯算清繳結束后，一般會組織人員對年度納稅申報邏輯性和有關資料的完整性和準確性進行審核。因此，企業(yè)在填報企業(yè)所得稅年度納稅申報表時，除應嚴格按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表及附表填報說明》要求，準確填報年度納稅申報表外，還應重點關注年度納稅申報表的邏輯性，有關資料的完整性和準確性，特別要關注以下項目。
　　1.納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表與企業(yè)財務報表有關項目的數(shù)字是否相符，各項目之間的邏輯關系是否對應，計算是否正確。
　　2.納稅人是否按規(guī)定彌補以前年度虧損額和結轉以后年度待彌補的虧損額。
　　3.納稅人是否符合稅收優(yōu)惠條件，稅收優(yōu)惠的確認和申請是否符合規(guī)定程序。
　　4.納稅人稅前扣除的財產(chǎn)損失是否真實，是否符合有關規(guī)定程序。
　　5.跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人，其分支機構稅前扣除的財產(chǎn)損失是否由分支機構所在地主管稅務機關出具證明。
　　6.納稅人企業(yè)所得稅和其他各稅種之間的數(shù)據(jù)是否相符、邏輯關系是否吻合。
　　第十步：報送納稅申報有關資料。納稅人辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報時，除報送《中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表及附表》、《中華人民共和國企業(yè)年度關聯(lián)業(yè)務往來報告表》外，應如實填寫和報送下列有關資料：(一)企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表;(二)財務報表;(三)備案事項相關資料;(四)總機構及分支機構基本情況、分支機構征稅方式、分支機構的預繳稅情況;(五)委托中介機構代理納稅申報的，應出具雙方簽訂的代理合同，并附送中介機構出具的包括納稅調整的項目、原因、依據(jù)、計算過程、調整金額等內容的報告;(六)涉及關聯(lián)方業(yè)務往來的，同時報送《中華人民共和國企業(yè)年度關聯(lián)業(yè)務往來報告表》等。納稅人采用電子方式辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報的，應按照有關規(guī)定保存有關資料或附報紙質納稅申報資料。
　　第十一步：關注退稅要求。按照規(guī)定，主管稅務機關應結合企業(yè)所得稅預繳情況及日常征管情況，對企業(yè)報送的年度納稅申報表及其附表和其他有關資料進行初步審核后，按規(guī)定程序及時辦理企業(yè)所得稅補、退稅或抵繳其下一年度應納所得稅款等事項。