與其他審計(jì)程序一樣，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)也包括準(zhǔn)備、實(shí)施和結(jié)束三個(gè)階段。但是，在這三個(gè)階段中，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)所進(jìn)行的具體活動(dòng)，與財(cái)務(wù)審計(jì)和財(cái)經(jīng)法紀(jì)審計(jì)是有所不同的。

　　首先，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)在準(zhǔn)備階段要資料搜集更為全面而且工作內(nèi)容比其他審計(jì)更多、更復(fù)雜。

　　其次，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)需要編制更具體和細(xì)致的審計(jì)計(jì)劃及方案。因此經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)工作實(shí)際操作難度更大。

　　第三，經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)不采取突擊審計(jì)的方式，在實(shí)施審計(jì)工作前，要給被審計(jì)單位下達(dá)審計(jì)通知書(shū)。

　　第四，審計(jì)報(bào)告采取詳式報(bào)告，審計(jì)報(bào)告所反映的內(nèi)容與其他審計(jì)有較大的區(qū)別。審計(jì)報(bào)告中要對(duì)被審計(jì)單位的經(jīng)濟(jì)效益狀況進(jìn)行系統(tǒng)分析，指出制約經(jīng)濟(jì)效益提高的因素，提出具體的建設(shè)和措施。